Hiện nay công ty có các đơn vị trực thuộc có trụ sở tại thành phố Hồ Chí Minh và tại Lào Cai. Cụ thể như sau:

1. Ban quản lý dự án Khu đô thị mới Bình Tân: có trụ sở làm việc tại thành phố Hồ Chí Minh. BQL Bình Tân có chức năng thực hiện dự án Khu đô thị Sông Đà - Bình Tân tại quận Bình Tân.

2. Chi nhánh Công ty CP Sông Đà 9.06 tại thành phố Hồ Chí Minh: có trụ sở tại Phường Bình Trị Đông B, quận  Bình Tân, TP Hồ Chí Minh: Có nhiệm vụ thay mặt công ty quản lý toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh tại khu vực phía Nam.

3. Ban quản lý dự án Nhà máy thủy điện Nậm Xây Nọi 2: làm việc tại Nậm Xây Nọi,  Có chức năng thay mặt Công ty quản lý điều hành triển khai thực hiện dự án theo đúng pháp luật và Điều lệ Công ty.

Ngoài ra công ty còn có các đơn vị trực thuộc là các đội xây dựng.