Hiện nay, ngoài khối văn pḥòng đặt tại trụ sở chính tại nhà CT5, Mỹ Đình, Mễ Trì, Từ Liêm, Hà Nội Công ty còn có các đơn vị trực thuộc bao gồm: Ban quản lý dự án Sông Đà - Bình Tân ; Ban quản lý dự án thủy điện Nậm Xây Nọi 2; các đội xây dựng. Các đội trực thuộc này là các đơn vị trực tiếp tham gia thực hiện các hợp đồng xây lắp trên khắp cả nước. Mô hình tổ chức của Công ty Cổ phần Sô ng Đà 9.06 như sau: 

1. Đại hội đồng cố đông: Bao gồm tất cả các cổ đông có quyền dự họp và biểu quyết, là cơ quan quyết định cao nhất của Công ty, được tổ chức và hoạt động theo quy định của Pháp luật,

2. Hội đồng quản trị: Là cơ quan quản lý Công ty do ĐHCĐ bầu ra, có toàn quyền quyết định mọi vấn đề quan trọng liên quan đến mục đích, quyền lợi của Công ty. Trừ những vấn đề thuộc thẩm quyền của ĐHĐCĐ. HĐQT có quyền và nghĩa vụ giám sát GĐ điều hành và nhưng người khác trong Công ty. Quyền và nghĩa vụ của HĐQT do Pháp luật và Điều lệ Công ty, các Quy chế nội bộ của Công ty và Nghị Quyết ĐHĐCĐ quy định.

Hội đồng quản trị:

- Nhiệm kỳ: 2004-2009

- Nhiệm kỳ: 2009-2014

3. Ban kiểm soát: Là cơ quan do ĐHĐCĐ bầu ra, có nhiệm vụ kiểm tra tính hợp lý, hợp pháp trong hoạt động quản lý của HĐQT, hoạt động điều hành kinh doanh của GĐ; trong ghi chép sổ kế toán và báo cáo tài chính. Ban kiểm soát hoạt động độc lập với HĐQT và tổng giám đốc.

Ban Kiểm soát: - Nhiệm kỳ: 2009-2014

4. Ban tổng giám đốc: Tổng giám đốc là người điều hành, quyết định các vấn đề liên quan đến hoạt động hàng ngày của Công ty, chịu trách nhiệm trước HĐQT về việc thực hiện các quyền và nghĩa vụ được giao. Các Phó tổng giám đốc giúp việc tổng giám đốc và chịu trách nhiệm trước tổng giám đốc về các nội dung công việc được phân công, chủ động giải quyết những công việc được tổng giám đốc uỷ quyền theo quy định của Pháp luật và Điều lệ Công ty.

Ban Tổng Giám đốc: - Nhiệm kỳ: 2009-2014

5. Các phòng có chức năng

5.1. Phòng Tổ chức Hành chính: có chức năng tham mưu giúp GĐ Công ty chỉ đạo và tổ chức thực hiện các công tác: tuyển dụng, quản lý, đào tạo, điều động nhân lực theo yêu cầu sản xuất; tổ chức hành chính, chế độ chính sách đối với CBCNV; văn thư lưu trữ và công tác quản trị văn phòng; giám sát việc tuân thủ quy tắc, nội quy làm việc tại văn phòng Công ty, các quy chế, quy định liên quan đến các lĩnh vực phòng phụ trách hoặc tham gia phụ trách.

- Trưởng phòng: Ông Hoàng Phúc Hải

5.2. Phòng Kỹ thuật - Kế hoạch:

+ Có chức năng tham mưu giúp GĐ Công ty chỉ đạo và tổ chức thực hiện các công tác: lập hồ sơ kỹ thuật, thẩm tra biện pháp thi công, phương án tổ chức sản xuất thi công, lập hồ sơ nghiệm thu, thu vốn các hạng mục công trình xây dựng của các đơn vị trực thuộc; hướng dẫn, kiểm tra việc triển khai các yêu cầu của công tác an toàn vệ sinh lao động, bảo hộ lao động, phòng chống cháy nổ trong toàn Công ty; ứng dụng công nghệ mới, tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất; và các vấn đề liên quan đến công tác kỹ thuật thi công an toàn khi công ty làm việc với các đối tác bên ngoài.

+ Có chức năng tham mưu giúp GĐ Công ty chỉ đạo và tổ chức thực hiện các hoạt động thuộc các công tác: quản lý kỹ thuật các thiết bị, xe máy của công ty; cung ứng kịp thời nhu cầu vật tư, phụ tùng, nhiên liệu theo yêu cầu của công tác sửa chữa xe máy, thiết bị trên cơ sở kế hoạch được HĐQT, tổng giám đốc phê duyệt; xây dựng phương án kinh doanh, quản lý và đưa vào sử dụng hợp lý các loại vật tư, phụ tùng; tham mưu và chịu trách nhiệm về các vấn đề liên quan đến công tác cơ giới khi tổng giám đốc làm việc với đối tác bên ngoài.

+ Có chức năng tham mưu giúp GĐ Công ty chỉ đạo và tổ chức thực hiện các công tác: phân tích kinh tế, xây dựng kế hoạch và báo cáo kết quả sản xuất kinh doanh; thanh quyết toán các công trình thi công; các vấn đề liên quan đến công tác kinh tế, kế hoạch khi công ty làm việc với các đối tác bên ngoài; quản lý các loại hợp đồng phục vụ sản xuất kinh doanh và công tác đầu tư của công ty; soạn thảo các loại văn bản liên quan đến công tác kinh tế kế hoạch phục vụ công tác quản lý, điều hành; quản lý các loại định mức như định mức lao động, định mức đơn giá tiền lương, các chế độ hiện hành, định mức nhiên liệu; giám sát việc thực hiện các quy định, quy chế của Công ty liên quan đến lĩnh vực kinh tế và kế hoạch sản xuất kinh doanh của Công ty.

- Trưởng phòng: Ông Phạm Trung Kiên

5.3. Phòng Dự án Đầu tư: có chức năng tham mưu giúp GĐ Công ty chỉ đạo và tổ chức thực hiện các hoạt động thuộc các công tác: nghiên cứu thị trường, báo cáo cơ hội đầu tư, quản lý các dự án đầu tư đó được HĐQT phê duyệt; lập hồ sơ đấu thầu, tìm kiếm mở rộng thị trường, phát triển sản xuất kinh doanh; lập hồ sơ mời thầu cung cấp máy móc thiết bị cho việc tự hiện các dự án; đảm bảo công tác đầu tư, thị trường theo đúng các quy định pháp luật và quy định của Công ty.

- Trưởng phòng: Đỗ Ngọc Hà

5.4. Phòng Tài chính Kế toán: có chức năng tham mưu giúp GĐ Công ty chỉ đạo và tổ chức thực hiện công tác Tài chính, công tác Kế toán trên phạm vi toàn Công ty

- Kế toán trưởng: Ông Vũ Nguyễn Phong

5.5. Ban quản lý dự án thuỷ điện Nậm Xoi Nọi 2: Có chức năng thay mặt Công ty quản lý điều hành triển khai thực hiện dự án theo đúng pháp luật và Điều lệ Công ty.

- Giám đốc Ban quản lý dự án - Phó tổng giám đốc: Ông Lê Văn Toản

5.6. Ban quản lý dự án Khu đô thị mới Sông Đà - Bình Tân: Có chức năng thay mặt Công ty quản lý điều hành triển khai thực hiện dự án theo đúng pháp luật và Điều lệ Công ty.

- Giám đốc Ban quản lý dự án - Phó tổng giám đốc: Ông Nguyễn Hùng  Anh